Què és el mimetisme molecular i per què importa en les malalties autoimmunes
Quan les proteïnes d'un patogen s'assemblen prou a les nostres, el sistema immunitari pot aprendre a atacar totes dues. Aquest és el mecanisme central de la nostra tesi.
Un cas d'identitat equivocada
El sistema immunitari reconeix les amenaces per la seva forma molecular. La majoria de vegades això funciona bé — però alguns patògens tenen proteïnes prou similars estructuralment a les nostres perquè el sistema immunitari, un cop entrenat per atacar el patogen, continuï atacant el seu símil en els nostres propis teixits molt després que la infecció hagi remès. Això és el mimetisme molecular, i és una de les explicacions mecanístiques més acceptades sobre com pot originar-se una malaltia autoimmune.
Per què és difícil de veure
La dificultat és l'escala. El proteoma humà i el d'un patogen contenen cadascun milers de proteïnes. Trobar quins parells s'assemblen prou com per reaccionar de forma creuada de manera plausible no es pot fer per inspecció — cal comparar cada proteïna d'un sistema amb cada proteïna de l'altre, amb una resolució prou fina per detectar coincidències parcials, no només seqüències idèntiques.
El nostre enfocament, en forma preliminar
La nostra pròpia feina en aquesta àrea va començar precisament amb aquesta comparació: un alineament a escala de proteoma complet entre un patogen — Acanthamoeba, un organisme amb vincles documentats a condicions cròniques i de tipus autoimmune — i el sistema monòcit-macròfag humà, les cèl·lules immunitàries més directament implicades en la primera resposta i la presentació d'antígens. Els resultats són preliminars, i els tractem com a tals: un mapa inicial d'on és estructuralment plausible la reactivitat creuada, no un relat causal acabat. Un alineament a escala de proteoma pot mostrar on el sistema immunitari podria confondre raonablement el patogen amb l'hoste; per si sol no pot mostrar que aquesta confusió causi malaltia en un pacient concret. Aquest vincle s'ha d'establir per separat.
Cap on porta això
Aquest mapatge preliminar és la base d'ANA, el nostre sistema per categoritzar patrons de mimetisme molecular a escala de proteoma, construït per fer sistemàtica aquesta mena de comparació en lloc de puntual. Que sapiguem, avui no existeix cap eina equivalent que operi a aquesta escala. Publicarem més troballes a mesura que la feina de categorització avanci més enllà d'aquesta etapa preliminar.