Le mimétisme moléculaire, et pourquoi il compte dans les maladies auto-immunes
Lorsque les protéines d'un pathogène ressemblent suffisamment aux nôtres, le système immunitaire peut apprendre à attaquer les deux. C'est le mécanisme au cœur de notre thèse.
Un cas d'identité confondue
Le système immunitaire reconnaît les menaces à leur forme moléculaire. La plupart du temps, cela fonctionne bien — mais certains pathogènes possèdent des protéines structurellement assez proches des nôtres pour que le système immunitaire, une fois entraîné à attaquer le pathogène, continue d'attaquer son sosie dans nos propres tissus longtemps après la disparition de l'infection. C'est le mimétisme moléculaire, l'une des explications mécanistiques les plus reconnues de l'apparition des maladies auto-immunes.
Pourquoi c'est difficile à voir
La difficulté tient à l'échelle. Le protéome humain et celui d'un pathogène contiennent chacun des milliers de protéines. Déterminer quelles paires sont assez similaires pour une réaction croisée plausible ne peut se faire par simple inspection — il faut comparer chaque protéine d'un système à chaque protéine de l'autre, avec une résolution assez fine pour détecter les correspondances partielles, pas seulement les séquences identiques.
Notre approche, sous forme préliminaire
Notre propre travail dans ce domaine a commencé exactement par cette comparaison : un alignement à l'échelle du protéome entier entre un pathogène — Acanthamoeba, un organisme aux liens documentés avec des affections chroniques et de type auto-immun — et le système monocyte-macrophage humain, les cellules immunitaires les plus directement impliquées dans la première réponse et la présentation d'antigènes. Les résultats sont préliminaires, et nous les traitons comme tels : une première carte des zones où une réactivité croisée est structurellement plausible, non un récit causal achevé. Un alignement à l'échelle du protéome peut montrer où le système immunitaire pourrait raisonnablement confondre pathogène et hôte ; il ne peut, à lui seul, démontrer que cette confusion cause une maladie chez un patient donné. Ce lien doit être établi séparément.
Vers où cela mène
Cette cartographie préliminaire est à la base d'ANA, notre système de catégorisation des motifs de mimétisme moléculaire à l'échelle du protéome, conçu pour rendre ce type de comparaison systématique plutôt que ponctuel. À notre connaissance, aucun outil équivalent n'opère aujourd'hui à cette échelle. Nous publierons de nouveaux résultats à mesure que ce travail de catégorisation dépassera ce stade préliminaire.